Спустя два года после событий первой части создательница М3ГАН Джемма стала рьяным сторонником государственного надзора за ИИ. Между тем, ее племянница Кэди, которой уже исполнилось четырнадцать лет, не в восторге от гиперопеки и слишком строгих правил своей тети. Но самое страшное начинается, когда прототип М3ГАН оказывается не тех в руках. Технологию используют для создания опаснейшего оружия - робота-киллера по имени Амелия. В результате М3ГАН 2.0 вбирает в себя все худшее, что может представлять собой ИИ, и освобождается из-под всякого контроля. На кону оказывается будущее всего человечества.

После тяжелой битвы с Таносом земляне ушли победителями, однако остались без своих главных защитников. На Земле появляются новые опасности и, чтобы с ними справится, правительство обратилось за помощью к преступникам - Белой Вдове, Зимнему Солдату, Красному Стражу, Агенту США, Призраку и Таскмастеру. Они должны отправиться на задание, которое заставит их заглянуть в самые темные уголки их прошлого.

Древние врата открылись с грохотом, потрясшим саму землю. Из глубин незримого мира хлынули полчища демонов, не ведающих ни жалости, ни страха, а их предводитель - неуязвимый титан с глазами, пылающими вечным огнем, - внушал ужас одним своим видом. В эпицентре катастрофы оказался полицейский Джейк, человек, далекий от эпических сражений и героических подвигов. И все же, именно ему суждено было вступить в битву, равной которой не знал мир.

Девушка приходит в себя на разрушенной исследовательской станции на далёкой планете. Экспедиция, искавшая пригодный для жизни мир, обернулась катастрофой: часть команды погибла, часть бесследно исчезла. С орбиты прибывает коллега, уговаривая её уйти, но она решает разобраться в случившемся.

Российский ракетный подводный крейсер специального назначения бесследно исчезает во время секретной миссии в Гренландском море. На его поиски отправляется экипаж под командованием Виктора Воронина, чей старший брат командовал пропавшей субмариной. Перед моряками стоит задача любыми силами найти подлодку и не допустить, чтобы новое секретное оружие попало в руки врага. В это же время из-за геологических исследований на полярной станции в северных водах пробуждается Кракен - гигантское чудовище, способное сливаться с подводной тьмой, обладающее высоким интеллектом. Именно с ним предстоит столкнуться морякам, разыскивающим пропавшую подводную лодку.

Сонная рыбацкая деревушка неожиданно становится ареной битвы инопланетных кланов Добра и Зла. Противоборствующие стороны не остановятся ни перед чем в стремлении завладеть новорожденным сыном местного рыбака — ребенком с задатками нового мессии или антихриста. Космические посланцы похищают местных жителей, рубят головы, насылают космическую бурю и ведут приготовления к финальной битве.

Действия происходят в будущем. На ледяной планете, где любое решение может стать последним, Микки Барнс вынужден отправляться на смертельно опасные задания, откуда никто не возвращается. Колония держится на системе, создающей копии рабочих и сохраняющей их воспоминания. Налаженный ритм рушится, когда начинают проявляться первые неполадки. Неожиданные происшествия подрывают стабильность, превращая привычную жизнь в череду хаотичных перемен. Техника дает сбои, а попытки восстановить прежний порядок оказываются бесполезными. Микки пытается выяснить, что нарушило привычный уклад, и кто за этим стоит. Понять, что происходит, становится практически невозможно. Границы реальности стираются, а привычный мир становится иллюзией, оставляя лишь бесконечные вопросы без ответа. Фильм основан на романе Эдварда Эштона "Mickey7".

Новый президент США Таддеус Росс решает назначить Капитана Америку на официальную должность. Но в прошлом между ними были разногласия, и Сэм сомневается, что это хорошая идея. Этим же вечером на президента совершается покушение. Уилсон уверен, что предатель скрывается среди ближайшего окружения Росса.

Когда офицер полиции Найт и его пёс Грег оказываются в эпицентре взрыва, спасти их удаётся, лишь пересадив человеку голову собаки. Так на свет появляется Догмен - наполовину собака, наполовину человек.

Джозеф и Сидни совершают дерзкое ограбление и знают, что им за это ничего не будет, ведь у них есть секретное убежище — портал времени, где они могут укрыться и переждать облаву, а потом вернуться богатыми и никому не нужными. Однако вопреки ожиданиям они попадают в петлю времени, которая таит свои опасности, и выбраться из нее не так просто, как они думали.